J1939 และ NMEA 2000 ต่างก็ใช้โปรโตคอลบัส Controller Area Network (CAN) และมีความคล้ายคลึงกันหลายประการ แต่ก็มีข้อแตกต่างที่สำคัญบางประการเช่นกัน
J1939 เป็นโปรโตคอลที่ออกแบบมาสำหรับยานพาหนะที่ใช้งานหนักและการใช้งานในอุตสาหกรรม ในขณะที่ NMEA 2000 เป็นโปรโตคอลที่ออกแบบมาเฉพาะสำหรับการใช้งานทางทะเล แม้ว่าโปรโตคอลทั้งสองจะใช้เทคโนโลยี CAN บัสพื้นฐานเดียวกัน แต่ก็มีข้อแตกต่างที่สำคัญบางประการในแง่ของประเภทของข้อมูลที่ส่ง ประเภทของอุปกรณ์ที่ใช้ และวิธีการกำหนดค่าเครือข่าย
ข้อแตกต่างหลักประการหนึ่งคือวิธีการระบุอุปกรณ์บนเครือข่าย ใน J1939 อุปกรณ์แต่ละเครื่องถูกกำหนดที่อยู่เฉพาะ ในขณะที่ใน NMEA 2000 อุปกรณ์แต่ละเครื่องถูกกำหนดตัวระบุเฉพาะตามประเภทของอุปกรณ์ และข้อความจะถูกส่งไปยังอุปกรณ์ประเภทใดประเภทหนึ่งแทนที่จะเป็นที่อยู่เฉพาะ
ความแตกต่างอีกอย่างคือประเภทของข้อความที่รองรับ J1939 รองรับประเภทข้อความที่หลากหลายสำหรับข้อมูลประเภทต่างๆ ในขณะที่ NMEA 2000 มุ่งเน้นไปที่ข้อมูลทางทะเลเป็นหลัก เช่น การนำทาง เครื่องยนต์ และข้อมูลสภาพอากาศ
ประการสุดท้าย มีความแตกต่างในตัวเชื่อมต่อทางกายภาพและสายเคเบิลที่ใช้สำหรับโปรโตคอลทั้งสอง โดยทั่วไปแล้ว J1939 จะใช้ตัวเชื่อมต่อของ Deutsch และสายเคเบิลที่ทนทาน ในขณะที่ NMEA 2000 จะใช้ตัวเชื่อมต่อที่เล็กกว่า กันน้ำ และสายเคเบิลที่บางกว่าซึ่งออกแบบมาเพื่อใช้ในสภาพแวดล้อมทางทะเล
